Цитата: К сожалению я не влияю на данные решения.
Тогда надо бы с руководителем обсудить этот вопрос, чтобы он тоже хорошо представлял себе возможные последствия. И, при необходимости, внести изменения (уточнения) в ЛНА. У вас же, смотрите, что получается:
Цитата: Сотруднику предложили самому принимать решение, хочет ли он вернуться или остаться в г. Чебоксары на выходных.
Объективной производственной необходимости, судя по всему, для этого не было. И может быть даже номер в гостинице оставался якобы занятым (т.е. оплаченным) в эти дни. Плюс самолёт туда-обратно (и даже если он от гостиницы на два дня отказался, то вряд ли возвращение домой удастся обосновать экономией - билеты на проезд скорее всего дороже гостиничного места).
Цитата: касаемо оплаты за дни пребывания в дороге в субботу и воскресенье, получается оплата в двойном или одинарном с предоставлением отгула.
Конечно, если это была инициатива работодателя. А если инициатива работника, тогда и билеты должны быть за его счёт. Или их стоимость надо облагать НДФЛ и страховыми взносами.
Как вы планируете налоговикам при проверке обосновывать все эти доп. расходы? Вопрос адресован скорее директору, не Вам лично.